سال 1390 اولین فصل حضور سیدحسین حسینی 20 ساله در استقلال بود و این گلر جوان در کنار مهدی رحمتی، لیام ردی و هادی‌ریش اصفهانی 4 گلر آبی‌پوشان در طول فصل بود و طبیعتا از حضور در استقلال سرمست و خوشحال بود، نزدیک به 13 سال از آن روزها می‌گذرد و حالا او بازوبند کاپیتانی استقلال را روی بازو خود دارد و در فصل نقل و انتقالات شرایط عجیبی را پشت سر می‌گذارد!
حسینی در دومین فصل حضور در استقلال در کنار مهدی رحمتی گلر دوم آبی‌پوشان شد و اولین بازی خود برای این تیم را در مقابل کاسپین قزوین در جام حذفی انجام داد و یک فرصت ویژه در آخرین بازی لیگ قهرمانان آسیا مقابل الریان به دست آورد و دومین حضور او با پیراهن استقلال در لیگ قهرمان آسیا رقم خورد.
